Священномученик Иоанн родился 12 апреля 1887 года в Москве в семье священника Владимира Алексеевича Коссинского и его супруги Евдокии Федоровны. Иван окончил Перервинское духовное училище и с 1909 года был учителем в церковноприходской школе; в 1914 году он был рукоположен во диакона. В 1919 году диакон Иоанн был мобилизован в тыловое ополчение Красной армии, где его поставили выполнять тяжелые черные работы. В 1920 году он был рукоположен во священника и служил в Троицком храме в селе Заворово Бронницкого уезда Московской губернии.
В первый раз отец Иоанн был арестован в 1927 году по обвинению в нарушении 168-й статьи уголовного кодекса, грозившей лишением свободы до двух лет за «присвоение, то есть удержание с корыстной целью, чужого имущества, вверенного для определенной цели...». В данном случае отец Иоанн судим был за то, что продал принадлежавшую ему корову, описанную властями за неуплату налогов. Священника приговорили к одному месяцу исправительно-трудового лагеря. Вторично отца Иоанна арестовали в 1930 году, обвинив в антиколхозной агитации. После двух с половиной месяцев, проведенных под стражей, он был освобожден и до своего последнего ареста служил в Троицкой церкви.
В декабре 1937 года милиционеры, бывшие когда-то учениками отца Иоанна, предупредили его об аресте и советовали на время куда-нибудь уехать. Отец Иоанн, поблагодарив за предупреждение, сказал, что ему, православному священнику и отцу семейства, не пристало бегать и прятаться, и никуда не поехал.
В начале 1938 года священники-осведомители, служившие в храмах в селе Салтыково и в селе Давыдово Бронницкого района, дали сотрудникам НКВД требуемые показания и затем, когда отец Иоанн был арестован, выступили в качестве лжесвидетелей, подписав приготовленные следствием протоколы.
Отец Иоанн был арестован 26 января 1938 года и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 11 февраля тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Священник Иоанн Косинский был расстрелян 26 февраля 1938 года на полигоне Бутово под Москвой и погребён в безвестной общей могиле.