Коломенская духовная семинария является высшим духовным учебным заведением Московской митрополии Русской Православной Церкви.
Семинария готовит священно- и церковнослужителей по трём формам обучения: очной, очно-заочной и заочной. В рамках дополнительного образования в семинарию структурно входят Миссионерско-катехизаторские курсы. При семинарии действуют также Библейско-богословские курсы имени преподобного Сергия Радонежского и Курсы повышения квалификации священнослужителей Московской митрополии. Кроме того, при семинарии действуют Курсы базовой подготовки в области богословия для монашествующих.
В настоящее время в семинарии реализуются образовательные программы церковного и федерального государственного стандартов. На бакалавриате происходит обучение по программам «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций», профиль «Православное богословие» и 48.03.01 «Теология», профиль «Практическая теология православия». В магистратуре реализуется профессиональная образовательная программа по направлениям 48.04.01 «Теология» и «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций» единого профиля «История Русской Православной Церкви в ХХ веке».
Всесильный Бог да не оставит Вас и впредь Своей милостью, укрепляя душевные и телесные силы и ниспосылая преизобильную помощь в дальнейших трудах на благо Святого Православия.
— Кирилл, Патриарх Московский и всея Руси
Коломенская духовная семинария входит в структуру и юрисдикцию Коломенской епархии Русской Православной Церкви и подотчётна ей. Коломенская епархия в лице Патриаршего наместника Московской митрополии, митрополита Крутицкого и Коломенского, осуществляет контроль за религиозной, административной и финансово-хозяйственной, а также текущей образовательной и научно-исследовательской деятельностью семинарии.
Патриарший наместник Московской митрополии митрополит Крутицкий и Коломенский Павел проявляет о семинарии особую заботу. Владыка регулярно совершает богослужения в семинарском храме в престольные праздники и памятные даты. Он неизменно возглавляет торжественные выпускные акты, лично участвует в приёмной кампании — от экзаменов до собеседований с абитуриентами. Большое внимание архипастырь уделяет общению со студентами: проходят регулярные встречи, на которых обсуждаются вопросы духовной жизни, пастырского служения в современном обществе. Митрополит Павел также принимает участие в ключевых научных и образовательных мероприятиях семинарии.
Основное финансирование семинарии осуществляется из средств епархий, входящих в состав Московской митрополии.
С 25.08.2022 года возглавляет семинарию ректор, протоиерей Вадим Суворов, доктор богословия, назначенный решением Священного Синода (Журнал №70).
В Коломенской духовной семинарии трудятся 49 педагогов: 10 профессоров, 17 доцентов, 17 старших преподавателей и 5 преподавателей. Из них: 8 человек имеют учёную степень доктора наук, 21 – кандидата наук, 3 – учёное звание профессора и 10 – доцентов. Преподавательский состав полностью укомплектован.
Через общение с духовенством семинаристы получают возможность прикоснуться к опыту церковной жизни епархии, получить информацию «из первых уст» о задачах, стоящих перед Церковью, о жизни приходов и монастырей, о путях решений различных проблем церковной жизни.
Администрация семинарии старается поощрять успехи студентов в учебном процессе. Одной из форм поощрения лучших по успеваемости и поведению студентов является присуждение стипендии имени святителя Филарета, митрополита Московского и Коломенского.
В семинарии действует студенческий совет, который инициирует и организовывает совместно с администрацией семинарии различные культурно-просветительские мероприятия и взаимодействует с молодёжными объединениями других учебных заведений.
В настоящее время семинария занимает комплекс новопостроенных зданий, который в 2012 году освятил Святейший Патриарх Кирилл во время своего визита в город Коломну. Все учащиеся проживают в уютном общежитии, по 3–6 студентов в комнате. Обучение и проживание бесплатное, студенты обеспечены трехразовым горячим питанием. Учебные классы оборудованы по последнему слову техники. В семинарии имеются библиотека с читальным залом, компьютерный класс с подключением к сети интернет, медпункт, тренажерные залы и футбольное поле. Студентам выплачивается ежемесячная стипендия.
Активную деятельность ведёт хор Коломенской духовной семинарии, который регулярно принимает участие в различных мероприятиях епархиального и городского уровня. Традиционно хор семинарии принимает участие в открытии и закрытии епархиальных и областных Рождественских чтений и иных культурных мероприятиях.
Студенты во главе с представителями администрации семинарии регулярно совершают паломнические поездки по храмам и монастырям города Москвы и Московской области.
Одним из приоритетных направлений деятельности Коломенской духовной семинарии является научно-исследовательская работа. Целью научно-исследовательской работы является изучение актуальных проблем в области богословия, истории Церкви, современной практики церковной жизни.
Общее руководство научно-исследовательской работой в семинарии осуществляют Учёный совет, ректор и проректор по научной работе. Кроме того, каждая кафедра имеет свои направления научной работы, реализуемые заведующими кафедрами. Помимо научно-педагогических работников семинарии, в проведении научной работы активно участвуют студенты.
Результаты научно-исследовательской работы семинарии находят свое выражение, главным образом, в организации научных и научно-просветительских мероприятий различного уровня. Каждый год в стенах семинарии проводится Ежегодная Всероссийская научно-богословская конференция, в работе которой принимают участие представители разных регионов России и ближнего зарубежья. Регулярно организуются и проводятся менее масштабные мероприятия локального и регионального уровня, в основном посвящённые различным юбилейным датам церковной истории.
Коломенская духовная семинария является учредителем и издателем научного журнала «Труды Коломенской духовной семинарии». Тематика издания посвящена актуальным проблемам современного богословия и церковной науки. Целью журнала является публикация результатов научно-исследовательской работы преподавателей, научных сотрудников и студентов КДС. Периодичность издания «Трудов Коломенской духовной семинарии» составляет 4 раза в год. Журнал выходит в печатной форме, каждый выпуск отмечается отдельным номером. Материалы журнала индексируются в научно-библиографической базе данных «Российский индекс научного цитирования (РИНЦ)». Журнал также входит в Общецерковный перечень рецензируемых изданий, в которых должны публиковаться результаты исследований соискателей церковных учёных степеней доктора богословия, доктора церковной истории и кандидата богословия и имеет гриф «Рекомендовано к публикации Издательским Советом Русской Православной Церкви».
Процесс издания журнала организуется редакционной коллегией. Руководство редакционной коллегией осуществляет главный редактор – ректор семинарии протоиерей Вадим Суворов.
Коломенская духовная семинария является базовой площадкой для проведения мероприятий епархиального и общецерковного уровня. На базе семинарии регулярно проводятся конференции, совещания, круглые столы, фестивали и торжественные собрания, инициированные структурными подразделениями Московской митрополии и Коломенской епархии. В стенах семинарии проходят заседания межъепархиальных отделов, образовательные чтения, выпускные акты православных гимназий, молодёжные форумы и интеллектуальные турниры.