Села Нарское и Фоминское известны еще с первой половины 14 века. Они упоминаются в духовной грамоте Великого Московского князя Ивана Даниловича Калиты.
Первоначально храм в селе Фоминском был основан в честь апостола Фомы, но уже в XVII в. в списках Савино-Сторожевского монастыря есть упоминание о деревянной церкви святителя Николая в селе Фоминском, которая простояла до 1812 года. Эта церковь была сожжена вместе с селом при отступлении французских войск из Москвы. В 1840 г. на берегу реки Нары возникает бумаго-прядильная фабрика. Село уже носит название Нары-Фоминской.
В 1845 г. помещикам ? владельцам фабрики Лукину и Скуратову было дано разрешение на строительство новой каменной церкви. 150 лет назад церковь была построена. Известны имена священников, служивших в Никольской церкви. Это священник Иаков Сергеевич Соколов, протоиерей Василий Андреевич Иванов, прослуживший в храме более 30-ти лет, затем священник Сергей Григорьевич Победов.
Последним священником перед закрытием храма в 1930 г. был иеромонах Валентин (Лукьянов), который в 1937 г. был сослан в лагерь и через три года там скончался.
Во время Великой Отечественной Войны храм был сильно разрушен. С 1966 г. в отремонтированном здании храма был размещен военно-исторический музей.
Ключевым моментом новейшей истории храма явилось время празднования 1000-летия Крещения Руси. Первый секретарь Наро-Фоминского горкома КПСС В.И.Крамков и председатель исполкома В.А.Власов нашли соломоново решение и верующим вернули здание, и не обидели ветеранов. Музей переехал в новое помещение.
С 1991 г. в храме начались ремонтные работы и воскресные богослужения.
В 1996г. Наро-Фоминск становится центром благочиния.
В 1997г. Указом Святейшего Патриарха Алексия II почетным настоятелем Никольского храма назначен епископ Илиан (Востряков).
Новый этап в жизни Никольского храма начался с назначения в 1998 г. благочинным округа священника Георгия Ашкова. В церковной жизни произошли важные изменения, соответствующие и требованиям времени, и указаниям Епархиального архиерея ? митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия. Прежде всего богослужения в Никольском храме стали каждодневными. Начали открываться приходы, а в других населенных пунктах района и на базе Никольского храма шла подготовка кадров будущих священников для благочиния.
На конец 2004 г. в Наро-Фоминском округе насчитываются 42 прихода, которые окормляют 33 священнослужителя.
Приход Никольского храма стал готовится к своему юбилею заблаговременно. Последние четыре года в храме велись масштабные реставрационные работы. Стены храма были украшены канонической росписью по технологии древней фрески. Одновременно с работами по возвращению здания Церкви на территории храма началась и другая стройка. Возрождая традиции Никольского храма настоятель предложил построить Дом милосердия. 1-й этаж Дома милосердия отведен под благотворительную трапезную. В цокольном этаже размещен пункт раздачи одежды и медпункт. 2-ой этаж Дома предназначен для воскресной школы. Средства на возрождение храма и строительство Дома милосердия собирали всем миром. Но нашлись и меценаты. Основная доля средств на благоукрашение Никольского храма стала поступать из внебюджетного фонда главы Наро-Фоминского района А.Н. Баранова. Меценатом Дома милосердия выступил предприниматель Г.П. Крючков.
Празднование юбилея храма было совмещено с освящением трех престолов и открытием приходского Дома милосердия.
19-го декабря сего года торжества на Наро-Фоминской земле возглавил митрополит Ювеналий в сослужении архиепископа Можайского Григория, епископа Илиана, духовенства Московской епархии. При огромном стечении народа свершился второй раз в истории храма чин его великого освящения. В Доме милосердия Владыку митрополита приветствовали дети воскресной школы. В этот же день Владыка Ювеналий посетил центральную больницу Наро-Фоминска, где находится домовая больничная церковь во имя великомученика Пантелеимона, окормляемая священниками Никольского храма.
По ходатайству митрополита Ювеналия Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II наградил настоятеля Никольского храма протоиерея Георгия Ашкова орденом преподобного Сергия Радонежского III степени, главу Наро-Фоминского района А.Н. Баранова ? орденом преподобного Андрея Рублева III степени, предпринимателя Г.П. Крючкова ? орденом благоверного князя Даниила Московского III степени. Медали преподобного Андрея Рублева удостоились помощник главы района О.П. Богданова, руководители Русского клуба культуры и искусства А.Э. Бинецкий и Н.В. Голицина, художница Н.А. Криван, медали благоверного князя Даниила Московского удостоились прораб А.И. Аксютин и предприниматель А.В. Максимов. Владыка митрополит вручил также свои награды ? Благодарственные и Благословенные грамоты активным членам приходской общины.