Священномученик Алексий родился 8 октября 1876 года в селе Астафьево Подольского уезда Московской губернии в семье священника Николая Лебедева. В 1891 году Алексей окончил Перервинское духовное училище, в 1897 году – Московскую Духовную семинарию. Он женился на девице Евгении и в 1902 году был рукоположен во священника и служил в храме в селе Косяково неподалеку от города Воскресенска. Затем он был переведен в храм в селе Абакшино Бронницкого района.
Первый раз отец Алексий был арестован, когда служил в селе Косяково. Он был обвинен в том, что допустил сбор денег на ремонт церкви, за что был судом оштрафован на 250 рублей. Вторично священник был арестован за то, что совершил отпевание покойника без документа о регистрации смерти, и снова приговорен к штрафу в 250 рублей.
В конце тридцатых годов, во время самого жестокого гонения на Русскую Православную Церковь, Бронницкий отдел НКВД принял решение об аресте священника Алексия Лебедева. Отец Алексий был арестован в ночь с 25-го на 26 января 1938 года и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 8 февраля следственные материалы были переданы начальником отделения НКВД Бронницкого района Ратнером на рассмотрение тройки. 11 февраля тройка НКВД приговорила отца Алексия к расстрелу. Священник Алексий Лебедев был расстрелян 17 февраля 1938 года и погребён в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.